В июле 1999 года, как только Лесин занял должность министра, в программе «Время» на ОРТ было объявлено о долгах холдинга «Медиа-Мост». Так началась длившаяся два года атака на его владельца, олигарха Владимира Гусинского. Холдинг Гусинского — НТВ в первую очередь — на думских выборах делал ставку не на кремлевское «Единство», а на блок Юрия Лужкова и Евгения Примакова «Отечество — Вся Россия». И государство решило взыскать долги с «Моста» с помощью главного кредитора — «Газпрома». (В это же время к каналу ОРТ, например, не было никаких претензий, несмотря на 100-милионный долларовый кредит «Внешэкономбанка»). Проблемы появились и у другого телеканала — работавшего на Лужкова ТВЦ. Во время кампании 1999-го ТВЦ получил два лесинских предупреждения, но сохранил существование.
Атака государства на СМИ при Лесине впервые стала очевидным трендом. 2 августа 1999 года главные редакторы ряда российских печатных СМИ обратились к президенту Борису Ельцину с просьбой «найти возможность для встречи», чтобы обсудить «ненормальную ситуацию» на рынке. «Накануне начала избирательной кампании высокопоставленные государственные чиновники пытаются оказать давление на СМИ и журналистов, используя свое влияние и даже имя президента России, — писали они президенту. — По нашему убеждению, такое развитие событий грозит реальным ограничением свободы слова в России. Мы уверены, что в нынешних обстоятельствах свобода слова — одна из важнейших демократических свобод, гарантированных Основным законом Российской Федерации, — может быть в достаточной мере защищена только при непосредственном вмешательстве президента России как гаранта конституционных прав граждан». Обращение подписали руководители газет: «Коммерсантъ», «Сегодня», «Аргументы и факты», «Российская газета», «Общая газета», «Труд», «Московская правда», «Новые Известия», «Вечерняя Москва», «Новая газета», а также журналов «Коммерсантъ-власть», «Деньги» и «Итоги».
Никакие обращения и апелляции не помогли. «Медиа-Мост» был взят Кремлем под контроль, а Лесин вошел в историю как человек, заставивший Гусинского подписать «протокол № 6». Это секретное соглашение к договору «Газпром-Медиа» с Гусинским гарантировало его освобождение из тюрьмы (олигарх просидел в Бутырке три дня) в обмен на акции холдинга. Подписав договор, Гусинский уехал из страны, пытался сопротивляться давлению, но понял, что проиграл. С тех пор Гусинский ни разу не был в России: Лесин публично обещал, что олигарх не вернется, пока он — Лесин — жив.
Примерно в то же время под контроль Кремля был взят и телеканал ОРТ, а его непредсказуемый владелец, олигарх Борис Березовский тоже вынужденно бежал из страны.
Команда журналистов, ушедшая под руководством Евгения Киселева с НТВ, пыталась работать в других местах, но безуспешно. Если для захвата НТВ в 2001-м государством применялся весь спектр инструментария под названием «спор хозяйствующих субъектов», то поводом к закрытию ТВ-6 в январе 2002-го стало обычное решение арбитражного суда. А утвердившийся на этой же частоте телеканал ТВС с остатками «уникального журналистского коллектива» был закрыт простым поворотом рубильника в ночь на 22 июня 2003 года.
В начале 2004-го Лесин взял под свой контроль и городской телеканал «Петербург» (для этого министр лично ездил несколько раз в Санкт-Петербург) — гендиректор Ирина Теркина вынужденно ушла в отставку.